Le générateur d'hypochlorite de sodium peut être utilisé pour le traitement secondaire de l'approvisionnement en eau

Quand  l'hypochlorite de sodium  entre en contact avec l’eau, il s’hydrolyse pour former des ions hypochlorite et hypochlorite. Parmi eux, l’hypochlorite possède de fortes propriétés oxydantes et peut détruire les protéines et autres systèmes enzymatiques des bactéries (virus), tuant ainsi les micro-organismes pathogènes. Effet de désinfection continu avec chlore résiduel, opération simple, plus sûr et plus pratique que le chlore liquide et moins cher que la poudre d'eau de Javel.

Comparé à la désinfection au chlore gazeux, l'hypochlorite de sodium présente des risques moindres pour la sécurité, ne présente aucun risque de fuite pour la sécurité des personnes et ne produit pas de sous-produits toxiques ou nocifs. Des études ont montré que lors de la désinfection à l'hypochlorite de sodium, l'acide dichloroacétique (DCAA) dans l'eau de l'usine est inférieur à celui de la désinfection au chlore liquide, tandis que l'acide trichloroacétique (TCAA) est fondamentalement équivalent. Lorsque l'hypochlorite de sodium est utilisé pour la désinfection, les trihalométhanes (THM) présents dans l'eau de l'usine sont inférieurs au chlore liquide, et le tétrachlorure de carbone (CCl4) est fondamentalement équivalent aux deux. Dans l’ensemble, la quantité de sous-produits de désinfection à base d’hypochlorite de sodium est inférieure à celle du chlore liquide.